Mipibu é uma palavra de origem Tupi que significa surgir subtamente. Nos idos de 1630, o aldeamento existente no território, de nome Mopebu (nome da flecha utilizada pelos índios da região), era o maior e mais populoso entre as seis aldeias da Capitania do Rio Grande do Norte.
Os primeiros habitantes da região foram índios Tupis, que se localizaram nas proximidades do rio Mipibu, que recebeu esse nome por surgir de repente na famosa Fonte da Bica e percorrer quatro quilômetros, até desaguar no rio Trairi.
Em adiantado processo de organização e sinais de povoação, o aldeamento passou a ser coordenado pelos frades Capuchinhos no final do século XVII até o ano de 1762, quando foi instalada a vila de São José do Rio Grande do Norte. Nesse período, com a saída dos Capuchinhos, a coordenação dos destinos da comunidade foi assumida pelos próprios nativos.
A criação do município foi através do alvará de 3 de maio de 1758, instalado em 22 de fevereiro de 1762. Em 16 de outubro de 1845, a vila de São José do Rio Grande foi elevada a categoria de cidade, passando a se chamar cidade de Mipibu. Dez anos depois, a cidade passou a se chamar São José de Mipibu.
Fonte: www.idema.rn.gov.br
